Что куда попало? Антифриз в автомат, или жидкость из автомата в антифриз? В систему охлаждения автомата или двигателя?
Если антифриз в автомат, то полностью промыть можно только на стенде, подключив к спец оборудованию. В гидротрансформаторе полюбому останется "смесь" и откачать её можно только врезавшись в систему охлаждения автомата, с одного шланга жидкость забирать, в другой подавать, естественно на заведенном авто. Жидкости уйдет много. Да и полюбому в сервис, забьет нафиг гувернеры (клапана) в коробке.
А если жидкость из автомата в антифриз, то проблем не вижу: залили антифриз дал поработать, слили антифриз, залил новый, снова дал поработать снова слил. И уже смотреть какой чистоты антифриз сливается. Опять -же жидкости уйдет много, зато можно без сервиса.
Я бы так поступил.